1.机关第一分工会
（党委办公室、校长办公室、校友办公室（合署），党建与重点工作督察办公室，组织部，宣传部、统战部（合署），纪检监察室，学生工部、学生处（合署），人民武装部、保卫处（合署），工会，团委）
2.机关第二分工会
（教务处，发展规划处，科研处、研究生处（合署），党委教师工作部、人事处、离退休人员管理处（合署），财务处，审计处，国际交流合作处、港澳台事务办公室（合署），资产与设备管理处，学报编辑部，惠州惠大资产经营有限公司）
3.后勤与基建管理处分工会
4.教辅分工会
（继续教育学院、网络与信息中心、教师发展中心）
5.图书馆分工会
6.电子信息与电气工程学院分工会
7.地理与旅游学院分工会
8.化学与材料工程学院分工会
9.经济管理学院分工会
10.建筑与土木工程学院分工会
11.教育科学学院分工会
12.美术与设计学院分工会
13.马克思主义学院分工会
14.数学与统计学院分工会
15.生命科学学院分工会
16.体育学院分工会
17.外国语学院分工会
18.文学与传媒学院分工会
19.旭日广东服装学院分工会
20.计算机科学与工程学院分工会
21.音乐学院分工会
22.政法学院分工会