1.第一机关分工会
共8个单位：党政办公室、纪检监察室、组织部（机关党委）、宣传统战部、学生工作部（招生与就业指导中心）、保卫部（武装部）、工会、团委
2.第二机关分工会
共8个单位：人力资源部、教务部、科学技术部、发展规划部、财务部、审计工作部、资产设备管理部、对外交流合作部（港澳台和外事工作部）
3.总务后勤部分工会
4.教辅分工会
共4个单位：现代教育技术中心、教学质量监测与评估中心、学报编辑部、惠州惠大资产经营有限公司
5.图书馆分工会
6.马克思主义学院分工会
7.文学与传媒学院分工会
8.化学与材料工程学院分工会
9.计算机科学与工程学院分工会
10.电子信息与电气工程学院分工会（本次含广东省电子功能材料与器件实验室）
11.外国语学院分工会
12.生命科学学院分工会
13.服装学院分工会
14.地理与旅游学院分工会
15.体育学院分工会
16.经济管理学院分工会（本次含创新创业学院）
17.美术与设计学院分工会
18.建筑与土木工程学院分工会
19.音乐学院分工会
20.政法学院分工会
21.教育科学学院分工会
22.数学与统计学院分工会
23.继续教育学院分工会